1、枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。 2、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。  3、解淀粉芽孢杆菌：分泌抗菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长。  4、巨大芽孢杆菌：解磷（磷细菌），具有很好的降解土壤中有机磷的功效。5、 胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。 6、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。 7、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。  8、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。 9、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。10、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。 11、圆褐固氮菌：固氮、提高作物产量。12、放线菌：拮抗病原菌防病壮菌的作用，分泌细胞分裂素促进作物的生长。 13、光合菌群：合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。  14、乳酸菌群：具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解，能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。15、酵母菌群：合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质，促进其它有效微生物增殖所需要的基质(食物)提供重要的给养保障。  16、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。17、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并将嗜热、耐热细菌、真菌、酵母菌菌株及相关分解酶复合而成，降解能力强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和提高养分的效果。 18、黑曲霉：裂解大分子有机物和难溶无机物，便于作物吸收利用，改善土壤结构，增强土壤肥力，提高作物产量。 19、绿色木霉：是所产纤维素酶活性最高的菌株之一，所产生的纤维素酶对作物有降解作用，效果非常好，同时又是一种资源丰富的拮抗微生物，具有保护和治疗双重功效，可有效防治土传性病害。 20、哈茨木霉：用来预防由腐霉菌、立枯丝核菌、镰刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盘菌、齐整小核菌等病原菌引起的植物病害。  21、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。 22、白僵菌：在自然条件通过体壁接触感染杀死害虫。23、绿僵菌：能够寄生于多种害虫的一类杀虫真菌，通过体表入侵作用进入害虫体内，在害虫体内不断增繁殖通过消耗营养、机械穿透、产生毒素，并不断在害虫种群中传播，使害虫致死。24、EM菌：由双岐菌、乳酸菌、芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等)、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺单独扩培、发酵、喷雾干燥而成的高效复合微生物菌种另外，生物菌肥根据其作用不同，可分为以下5类：1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。